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Registro Completo |
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Biblioteca(s): |
Embrapa Agricultura Digital. |
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Data corrente: |
26/11/2009 |
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Data da última atualização: |
15/01/2020 |
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Tipo da produção científica: |
Resumo em Anais de Congresso |
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Autoria: |
MAZONI, I.; BORRO, L. C.; MANCINI, A.; SALIM, J. A.; MORAES, F. R.; JARDINE, J. G.; NESHICH, I. P.; NESHICH, G. |
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Afiliação: |
IVAN MAZONI, CNPTIA; L. C. BORRO, CNPTIA; ADAUTO LUIZ MANCINI, CNPTIA; JOSÉ AUGUSTO SALIM, Estagiário/CNPTIA; FABIO ROGERIO DE MORAES, Bolsista/CNPTIA; JOSE GILBERTO JARDINE, CNPTIA; IZABELLA PENA NESHICH, Estagiária/CNPTIA; GORAN NESHICH, CNPTIA. |
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Título: |
Computational analysis of the secondary structure elements based on the physical chemical and geometrical descriptors and statistics data. |
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Ano de publicação: |
2009 |
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Fonte/Imprenta: |
In: INTERNATIONAL CONFERENCE OF THE BRAZILIAN ASSOCIATION FOR BIOINFORMATICS AND COMPUTATIONAL BIOLOGY, 5., 2009, Angra dos Reis. Abstracts book... Angra dos Reis: ABBCB, 2009. |
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Páginas: |
Não paginado |
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Idioma: |
Inglês |
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Notas: |
X-Meeting 2009. |
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Conteúdo: |
JSSD is software developed on the Java programming language, to analyze the secondary structure elements of the proteins. This analysis is based on the information about the amino acids physical chemical and geometrical parameters and allows characterize the functional proteins nanoenvironment, where the nucleation of secondary structure elements (alpha-helix, beta-sheets and loops) occurs (composed by initiation, propagation and termination). JSSD uses a database containing 720 different descriptors for each amino acid in any protein deposited in the PDB. Considering that each protein has 2 chains with 300 amino acids each one and there are more than 60000 structures deposited in the PDB, our database has 720 x 2 x 300 x 60,000 = 25,920,000,000 registers approximately. A first experiment was done with 40,710 proteins. We created data marts (extracts from PDB based on strict rules for selecting a particular characteristic) from these structures for the proteins families: all-alpha, all-beta and alpha + beta. Using only the amino acids sequence matching the initial and final position at selected secondary structure element and that has consensus on all three identifiers PDB, DSSP and Stride, the experiment showed that there are 34,095 alpha-helices on the all-alpha protein family; 8,645 beta-sheets on the all-beta protein family and 306,556 alpha-helices and 250,674 beta-sheets on the alpha + beta protein family (both secondary structure element of variable size starting from minimum 5 amino acids). MenosJSSD is software developed on the Java programming language, to analyze the secondary structure elements of the proteins. This analysis is based on the information about the amino acids physical chemical and geometrical parameters and allows characterize the functional proteins nanoenvironment, where the nucleation of secondary structure elements (alpha-helix, beta-sheets and loops) occurs (composed by initiation, propagation and termination). JSSD uses a database containing 720 different descriptors for each amino acid in any protein deposited in the PDB. Considering that each protein has 2 chains with 300 amino acids each one and there are more than 60000 structures deposited in the PDB, our database has 720 x 2 x 300 x 60,000 = 25,920,000,000 registers approximately. A first experiment was done with 40,710 proteins. We created data marts (extracts from PDB based on strict rules for selecting a particular characteristic) from these structures for the proteins families: all-alpha, all-beta and alpha + beta. Using only the amino acids sequence matching the initial and final position at selected secondary structure element and that has consensus on all three identifiers PDB, DSSP and Stride, the experiment showed that there are 34,095 alpha-helices on the all-alpha protein family; 8,645 beta-sheets on the all-beta protein family and 306,556 alpha-helices and 250,674 beta-sheets on the alpha + beta protein family (both secondary structure element of variable size starting from... Mostrar Tudo |
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Palavras-Chave: |
Análise computacional; Elementos de estrutura secundária; JSSD. |
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Thesagro: |
Dados Estatísticos. |
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Thesaurus Nal: |
Computer software. |
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Categoria do assunto: |
X Pesquisa, Tecnologia e Engenharia |
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Marc: |
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Registro original: |
Embrapa Agricultura Digital (CNPTIA) |
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Biblioteca |
ID |
Origem |
Tipo/Formato |
Classificação |
Cutter |
Registro |
Volume |
Status |
URL |
Voltar
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Registro Completo
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Biblioteca(s): |
Embrapa Pecuária Sudeste. |
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Data corrente: |
18/10/2007 |
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Data da última atualização: |
25/07/2018 |
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Tipo da produção científica: |
Resumo em Anais de Congresso |
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Autoria: |
VENERONI, G. B.; MEIRELLES, S. L.; OLIVEIRA, H. N.; ALENCAR, M. M. de; GASPARIN, G.; GOUVEIA, J. J. S.; MIYATA, M.; REGITANO, L. C. de A. |
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Afiliação: |
G. B. Veneroni - UFSCar; S. L. Meirelles - UNESP; H. N. Oliveira - UNESP; MAURICIO MELLO DE ALENCAR, EMBRAPA CPPSE, SÃO CARLOS, SP.; G. Gasparin - UFSCar; J. J. S. Gouveia - UFSCar; M. Miyata - UFSCar; LUCIANA CORREIA DE ALMEIDA REGITANO, CPPSE. |
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Título: |
Associação da região centromérica do cromossomo 14 com espessura de gordura em bovinos da raça canchim. |
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Ano de publicação: |
2007 |
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Fonte/Imprenta: |
In: CONGRESSO BRASILEIRO DE GENÉTICA, 53., 2007, Águas de Lindóia, SP. Anais... Águas de Lindóia: SBG, 2007. |
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Páginas: |
p. 90 |
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Idioma: |
Português |
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Conteúdo: |
Canchim é uma raça sintética que tem sido usada na indústria de gado de corte como uma alternativa para intensificação da produção. No entanto, esta raça possui pouca gordura de cobertura, que é importante para a conservação da carcaça após o abate e confere características organolépticas apreciadas pelo mercado da carne. Desse modo, pesquisas têm sido realizadas com o objetivo de aumentar a deposição de gordura nessa raça. Essas pesquisas incluem a procura por marcadores moleculares que podem auxiliar a identificação de animais com maior potencial genético para a característica. Em várias populações bovinas a região centromérica do cromossomo 14 foi associada com deposição de gordura. O gene da tireoglobulina está localizado à 4,46 Mb nesse cromossomo e relatos descrevem a influência de um polimorfismo na seqüência 5´ líder desse gene sobre o marmoreio e espessura de gordura. O objetivo deste trabalho foi analisar o efeito desse polimorfismo no gene da tireoglobulina, assim como de dois marcadores microssatélites que flanqueiam esse gene, CSSM066 (2,95 Mb) e ILSTS011 (6,93 Mb) sobre a espessura de gordura em bovinos da raça Canchim. Quinhentos e setenta e dois animais, de dois grupos genéticos (MA e CA), criados em duas fazendas e pertencentes à 64 famílias de meio-irmãos foram avaliados. Associações dos genótipos dos marcadores com as medidas fenotípicas (espessura de gordura) foram analisadas por um modelo misto. Os resultados mostraram que o marcador microssatélite CSSM066 teve efeito significativo sobre a espessura de gordura nas populações estudadas. No entanto, esta característica não foi significativamente associada com o polimorfismo do gene da tireoglobulina e com o marcador microssatélite ILSTS011, o que sugere que outro gene situado na região centromérica do cromossomo 14 de bovinos deva ser responsável pela variação da característica. Novos estudos merecem ser realizados próximos ao marcador CSSM066, a fim de se obter informações que possam ser incorporadas em programas de melhoramento. MenosCanchim é uma raça sintética que tem sido usada na indústria de gado de corte como uma alternativa para intensificação da produção. No entanto, esta raça possui pouca gordura de cobertura, que é importante para a conservação da carcaça após o abate e confere características organolépticas apreciadas pelo mercado da carne. Desse modo, pesquisas têm sido realizadas com o objetivo de aumentar a deposição de gordura nessa raça. Essas pesquisas incluem a procura por marcadores moleculares que podem auxiliar a identificação de animais com maior potencial genético para a característica. Em várias populações bovinas a região centromérica do cromossomo 14 foi associada com deposição de gordura. O gene da tireoglobulina está localizado à 4,46 Mb nesse cromossomo e relatos descrevem a influência de um polimorfismo na seqüência 5´ líder desse gene sobre o marmoreio e espessura de gordura. O objetivo deste trabalho foi analisar o efeito desse polimorfismo no gene da tireoglobulina, assim como de dois marcadores microssatélites que flanqueiam esse gene, CSSM066 (2,95 Mb) e ILSTS011 (6,93 Mb) sobre a espessura de gordura em bovinos da raça Canchim. Quinhentos e setenta e dois animais, de dois grupos genéticos (MA e CA), criados em duas fazendas e pertencentes à 64 famílias de meio-irmãos foram avaliados. Associações dos genótipos dos marcadores com as medidas fenotípicas (espessura de gordura) foram analisadas por um modelo misto. Os resultados mostraram que o marcador microssatélite CSSM0... Mostrar Tudo |
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Palavras-Chave: |
Bovinos; Espessura de gordura; Marcadores moleculares. |
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Categoria do assunto: |
-- |
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URL: |
https://ainfo.cnptia.embrapa.br/digital/bitstream/item/180257/1/AssociacaoRegiaoCentromerica.pdf
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Marc: |
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520 $aCanchim é uma raça sintética que tem sido usada na indústria de gado de corte como uma alternativa para intensificação da produção. No entanto, esta raça possui pouca gordura de cobertura, que é importante para a conservação da carcaça após o abate e confere características organolépticas apreciadas pelo mercado da carne. Desse modo, pesquisas têm sido realizadas com o objetivo de aumentar a deposição de gordura nessa raça. Essas pesquisas incluem a procura por marcadores moleculares que podem auxiliar a identificação de animais com maior potencial genético para a característica. Em várias populações bovinas a região centromérica do cromossomo 14 foi associada com deposição de gordura. O gene da tireoglobulina está localizado à 4,46 Mb nesse cromossomo e relatos descrevem a influência de um polimorfismo na seqüência 5´ líder desse gene sobre o marmoreio e espessura de gordura. O objetivo deste trabalho foi analisar o efeito desse polimorfismo no gene da tireoglobulina, assim como de dois marcadores microssatélites que flanqueiam esse gene, CSSM066 (2,95 Mb) e ILSTS011 (6,93 Mb) sobre a espessura de gordura em bovinos da raça Canchim. Quinhentos e setenta e dois animais, de dois grupos genéticos (MA e CA), criados em duas fazendas e pertencentes à 64 famílias de meio-irmãos foram avaliados. Associações dos genótipos dos marcadores com as medidas fenotípicas (espessura de gordura) foram analisadas por um modelo misto. Os resultados mostraram que o marcador microssatélite CSSM066 teve efeito significativo sobre a espessura de gordura nas populações estudadas. No entanto, esta característica não foi significativamente associada com o polimorfismo do gene da tireoglobulina e com o marcador microssatélite ILSTS011, o que sugere que outro gene situado na região centromérica do cromossomo 14 de bovinos deva ser responsável pela variação da característica. Novos estudos merecem ser realizados próximos ao marcador CSSM066, a fim de se obter informações que possam ser incorporadas em programas de melhoramento.
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Registro original: |
Embrapa Pecuária Sudeste (CPPSE) |
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